[jachguate]

Probá con esto:

Código SQL [-]
SELECT
  E.EMP_NIT,
  E.PRO_CODIGO,
  PT.PRE_CODIGO,
  MIN((E.EMP_PRO_COSTO - (E.EMP_PRO_COSTO * E.EMP_PRO_DESC / 100)) / E.EMP_PRO_EMBALAJE) AS TOTAL
FROM
  EMPRESA_PRODUCTO E
  INNER JOIN PRODUCTOS P ON (E.PRO_CODIGO = P.PRO_CODIGO)
  INNER JOIN PRESENTACION PT ON (P.PRO_PRE_CODIGO = PT.PRE_CODIGO)
GROUP BY
  E.EMP_NIT,
  E.PRO_CODIGO,
  PT.PRE_CODIGO
ORDER BY
  E.PRO_CODIGO
HAVING
  MIN((E.EMP_PRO_COSTO - (E.EMP_PRO_COSTO * E.EMP_PRO_DESC / 100)) / E.EMP_PRO_EMBALAJE) =
  (
    Select min((E2.EMP_PRO_COSTO - (E2.EMP_PRO_COSTO * E2.EMP_PRO_DESC / 100)) / E2.EMP_PRO_EMBALAJE)
      from empresa_producto e2
     where e2.pro_codigo = e.pro_codigo
  )

Si no funciona a la primera, al menos te acerca a la idea.

Hasta luego.