Hola,
Podrías probar con las herramientas que te proporciona la propia MySQL. Son gratuitas, de código abierto (creo) y están disponibles tanto para Windows como para GNU/Linux:
MySQL Tools. Se incluyen los programas
MySQL Administrator y
MySQL Query Browser, entre otros.
Hace poco (creo que se comentó en estos Foros) salió cierta versión de SQLyog:
The most popular MySQL GUI for the last 4 years - Now OpenSource!.
Y, bueno, tampoco quiero dejar pasar sin nombrar a
phpMyAdmin, que en el propio navegador te ofrece no pocas prestaciones y herramientas y utilidades para tratar con bases de datos MySQL (por lo menos). De phpMyAdmin tienes también su código fuente, precisamente, PHP.