Puedes crear un ejecutable que se lance nada más realizar la instalación y cambie el atributo de los ficheros a oculto:
Código:
FileSetAttr('MiFichero.Db'.faHidden);
Aunque en mi opinión solo funcionaría para principiantes, ya que cualquier persona mínimamente experta sería capaz de ver los ficheros con el explorador de Windows.
Un Saludo.