Fijate: (te doy un ejemplo de poner en 2 carpetas distintas)
Código:
[dirs] //aca le dices que directorios crear
Name: {app}\directorio1
Name: {app}\directorio2
[Files]//aqui pones los archivos en esos directorios
Source: ..\directorio\archivo.exe; DestDir: {app}\directorio1 Source..\directorio\archivo2.exe; DestDir: {app}\directorio2
Pd: {app} declaralo como constante (define) para ApplicationName
Saludos!