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Normalmente se pueden modificar los antivirus para que "dejen tranquilos" a ficheros con determinadas extensiones.
Otra cosa que yo haría es para la próxima versión hacer el cambio de extensión.
Algo así:
(1) Al guardar, guardas con extensión .cnf (por decir algo)
(2) Al abrir, primero buscas el fichero .cnf y si no existe buscas el .INI
(3) Dentro de un tiempo cuando todos los clientes estén con la nueva versión ya puedes eliminar el código que busca ambos ficheros.
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