Estoy dándole vueltas al asunto y no lo entiendo. Un fallo en Internet explorer podría afectar a los programas que utilizasen Wininet, pero no debería de afectar a programas como firefox que son completamente independientes (al menos hasta llegar al winsock). Aunque lo de un virus, spyware y demás malas hierbas ya lo veo mas posible. No suelen tener mucha consideración y de repente les puede dar por abrir un ciento de conexiones, dios sabe con que siniestras intenciones, dejando el resto del sistema bastante tocado. O se les puede ocurrir cambiarnos el archivo de hosts, o el proxy, y por que no, las propias librerías winsock. Y dios no quiera que se te haya metido un rootkit.
Lo primero sera hacer un "netstat -a" y ver que aparece. Si de repente ves conexiones sospechosas, o un numero muy elevado sin motivo aparente, la cosa pinta mal. Lo siguiente sera revisar el firewall de windows y cualquier otro firewall que tengas instalado. Supongo que con estas recomendaciones no te estoy diciendo nada nuevo, pero son los consejos estándar que se dan en estos casos
aunque lo que me sigue mosqueando es porque el comando ftp no se ve afectado. Si lo resuelves, comentalo por aquí y me sacas de la duda.