El Backup/Restore la verdad es que te va algo lento, pero claro, tambien depende del ordenador que tengas. A mi me tarda menos de 5 min en una BD de 100-120 MB
El otro tema, el de los indices.
Para activar-desactivar los indices de una BD, puedes hacer una contulta SQL sobre la tabla de sistema RDB$INDICES, pero claro, no tienes que modificar todos los registros de la misma, solo los que a ti te interesan que serian (mas o menos) los que te devolveria la siguiente sentencia SQL
Código:
select *
from RDB$INDICES
where RDB$SYSTEM_FLAG IS NULL and
RDB$FOREING_KEY IS NULL'
(no se si me dejo alguna condicion, si es asi, rectificarme porfa

)
y para activar/desactivar solo haria falta hacer algo asi para cada uno de los registros devueltos por la consulta anterior
Código:
// Activar
alter index NombreIndice ACTIVE
// Desactivar
alter index NombreIndice INACTIVE
Espero que te sirva