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Me parece que esta mal tu aproximación Nuño. La variante de Java para uso en programación web es Java Server Pages, que funciona mediante el mismo modelo que PHP y ASP: Una aplicación Java (servlet) corriendo en el servidor que se encarga de comunicarse con el usuario via HTML y su navegador.
Java ahora también es libre así que ya no tiene ese handicap en contra comparado con PHP. PHP no deja de ser un lenguaje orientado a Scripts aunque se puedan usar objetos y Java es por definición un lenguaje basado en Objetos. Después de todo PHP se concibió para mejorar PERL.
Por otro lado no es verdad que tengas que instalar la maquina virtual en cada cliente para ver una aplicacion web usando JSP, ya que todo el código corre exclusivamente en el servidor.
Una ventaja de Java vs PHP es que con él si puedes hacer aplicaciones de escritorio sin mayor problema o usarlo para programas distribuidos vía webstart.
La gran ventaja de PHP: En tres patadas puedes hacer una aplicación web sencilla sin requerir mucho aprendizaje, Java es demasiado complejo como para empezar de lleno con él.
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