Ciertamente, como dice
vicovni, la mayor diferencia es que Knoppix está más pensado para arrancar desde CD, mientras que Kubuntu está mejor diseñado para ser instalado en el disco. Hay versiones de Knoppix "especiales" como por ejemplo la versión de "rescate" que trae programas esenciales para recuperar un sistema caído por cualquier motivo, con casi cualquier sistema operativo.
De todas formas, la mejor manera de informarte es visitando la web de ambos "distros", en español:
Knoppix <->
Kubuntu