El icono en el escritorio es un acceso directo y en su linea de "destino" puedes poner algo así:
"c:\mi programa\ftp.exe" "%1"
el programa que realmente se ejecutará es ftp.exe y tendrá un parámetro de entrada que es, precisamente, el archivo que se ha soltado encima del icono.
Para que el programa ftp.exe reconozca ese parámetro debe incluir una línea de comandos al más puro estilo msdos, mira en la ayuda de delphi la función GetCommandLine y paramstr que sin duda te serviran.
Pues ya que edito el mensaje para indicar que roman se me adelantó, aprovecho para darte la Bienvenida a los foros
rafadf 
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Saludos