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Tanto con .NET como Java puedes hacer "casi" lo mismo. Suponiendo, sin conceder que se pudiera hacer exactamente lo mismo con .NET y Java. La única diferencia seria que .NET solo te va a funcionar bajo Windows con servidores Windows Server y bases de datos SQL server con conexiones ODBC. Por otra parte Java funciona igual en windows que en Linux, Solaris y otros tantos. UNa aplicacion en Java se ve y funciona = en Windows que en Linux y demás.
Si solo tomaras esa referencia para comparar creo que ya se cual elegirías...
pero obviamente hay mas cosas a favor de Java pero dejémolo solo en la multiplataforma y de calle se lleva al otro. Además de que puede trabjar con cualquier base de datos (pago o libre).
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