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Revisa el plan de ejecución desde SQL server, por si acaso.
Otra cosa que se me ocurre es que se te esté produciendo un DeadLock con alguna otra consulta que tengas en el programa y te quede bloqueada. Eso explicaría porqué desde SQL server es instantánea.
¿Cuandos registros devuelve? ¿Trabajas con transacciones?
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