Hola,
No sé. A mí me suena raro porque llevo usando UPX hace bastante tiempo y no recuerdo haberme topado con ese problema. He visto el Hilo que enlazas, pero, no me queda claro. UPX comprime el ejecutable, es cierto, pero cuando este último se ejecuta, propiamente, UPX lo descomprime: dejándolo, obviamente, como estaba.
Pero, aparte de esta idea mía, que puede estar equivocada, insisto: acabo de probar con UPX 1.25, que era el que venía utilizando; he ido a la Web de UPX y he descargado la versión 2.05 (la última versión) y he probado de nuevo y todo ha ido como esperaba, o sea.
Si fuera cuestión de la versión (que puede ser) lo cierto es que sería (según mi idea) un Bug de dicha versión, por lo que he mencionado: UPX comprime y añade un descompresor al ejecutable que se encarga de descomprimirlo: creo que se trata en todo caso de una compresión "sin pérdida", así que cuando se descomprime todo debe estar como al principio.