No entiendo el por qué, me imagino que tienes embebido código php dentro de html, de ser así debes determinar dentro de tu script cuando ejecutar el código html.
Código PHP:
<?php
if ($opcion == 1)
echo "<a href='nueva_pagina.php' onclick='window.open(this.href);return false;'>"
else{
....
....
}
?>
es solo una idea, el anterior script es solo un garabato, un bosquejo...
Trato de trasmitirte cual es la idea, jeje.
Hasta Luego .-