Como habéis comentado, cualquier ordenador es susceptible de ser un 'zombie', independientemente del sistema operativo. La razón por la que suelen ser equipos Windows es porque normalmente los usuarios de "a pie" no suelen proteger mucho sus equipos.
Si utilizas Linux y estás preocupado por que pueda ser utilizado como 'zombie' te aviso de que existen varios programas antivirus para este sistema. Aquí tienes una
lista de proyectos de antivirus para Linux en Sourceforge (no todo son antivirus). Por otro lado las empresas desarrolladoras de antivirus para Windows también suelen tener productos para Linux, BSD, etc.