[ContraVeneno]

Vamos a ver... primero abres la consulta y luego la cambias....
frm_DataModule.qry_Selec_Materia.Open;

después de que la cambias, no la vuelves a abrir....

Y luego mandas llamar a la instrucción ".Text" pero no va dentro de ningún mensaje...
frm_DataModule.qry_Selec_Materia.SQL.Text;

y luego la cierras...
frm_DataModule.qry_Selec_Materia.Close;

Yo recomendaría:

Código Delphi [-]
with  frm_DataModule.qry_Selec_Materia do begin
 if active then close; 
 SQL.Clear; 
 SQL.Add('SELECT ID_MATERIA, NOMBRE FROM MATERIA');
 SQL.Add('WHERE (MATERIA.CLAVE_AA = '+VarToStr(frm_CapAlum1.combo_Nucleo.KeyValue));
 SQL.Add('OR MATERIA.NUCLEO_FORMACION ='+QuotedStr('TRONCO COMUN')+') '); 
 Open;
 First;
 while not (Eof) do begin
  ....
  Next;
 end; //while
end; //with