Hola,
Otro programa que puede echarte una mano (muy mentado en estos Foros) es
InnoSetup, de
Jordan Russell. Creo que a primera vista es bastante más sencillo de usar que InstallShield, pero, con todo y con eso InnoSetup permite hacer también virgerías instalando y desinstalando aplicaciones, y cuenta con herramientas de terceros y una "base de conocimiento" bastante amplia.