Hola,
No estoy cien por cien seguro, pero, creo que el propio Script PHP debe estar guardado (me refiero al archivo) en la codificación de que se trate. Y, en todo caso, puedes añadir algo así en el Script PHP:
Código PHP:
header("Content-Type: text/html; charset=utf-8");
También podrías valerte de archivos ".htacess" que incluyera una instrucción tal que:
Código:
AddDefaultCharset utf-8
Y más allá lo mismo puedes establecer la codificación por defecto en el Servidor Web...