Hola,
Con JavaScript pueden hacerse maravillas, pero, personalmente, lo veo como un lenguaje de apoyo (muy potente) para el lado del cliente. Es decir, que Apache no entra aquí para nada... puesto que Apache puede "servir" JavaScript, pero, no lo procesará ni ejecutará, sino que será el cliente (probablemente un navegador) quien se encargue de ello.
En cuanto a quitar PHP de la configuración de Apache... si seguiste las instrucciones de instalación, es cuestión de "dar marcha atrás". Si no las seguiste, por el motivo que fuera, puedes tratar de hacerlo ahora, nada más que al revés, no sé si me explico. No es demasiado complicado, ya lo verás.
En cuanto a recomendación sobre JavaScript... pues lee cuanto libro caiga en tus manos sobre este lenguaje, muy curioso, y que puede sacarte de más de un apuro. Es la única recomendación que puedo darte. Bueno, en realidad no... en realidad puedo darte otra más, pero, esta es demasiado personal: no uses DreamWeaver, prueba con
Eclipse PDT +
Aptana, para trabajar con PHP, JavaScript, CSS y XHTML.
Si obvias a PHP prueba con Aptana en solitario.