Bueno según toda esa cosa que leí en dicho archivo tu consulta inicial deberia ser, asi:
Código SQL
[-]
select s.tarjeta, s.nomina, count(*) Conteo
from snmempl s
where s.status = 'A'
group by s.tarjeta, s.nomina
having count(*) > 1
Según mi mal ingles el problema esta en que no estas asignando un Alias a la función Count que tienes en dicha consulta, ya que ese es el Standar SQL
.