Hola,
Ignoro si hay algo por ahí que pueda influir... pero, en todo caso, yo probaría
reseteando ciertas reglas CSS, para empezar. Y luego añadiría una
hoja de estilo CSS exclusivamente destinada a usarse en la impresión del documento en cuestión. A bote pronto es lo que se me ocurre. Igual ya estás haciendo algo así, igual haciéndolo así no consigues solucionar el problema...
PD. Por favor, nota que los enlaces que he puesto son los primeros que he encontrado sobre el tema, y que puedes encontrar más información, seguramente, a poco que busques por tu cuenta. Bueno. En realidad el primer enlace no está puesto de ese modo... esa forma de "resetear" reglas CSS es la que estoy usando ahora en cierto proyecto, pero, me consta que hay otros intentos de conseguir lo mismo.