Hola,
Son cosas distintas. Digamos que Joomla te ofrece ya una infraestructura, un sistema terminado, al que tú puedes añadir "cosas" utilizando plugins, temas, etc., y, naturalmente, hasta podrías "tocar" el propio código fuente de Joomla, puesto que está disponible y su licencia te lo permite, o sea, que, por poder usar PHP, JS, CSS, etc., podrías usarlo.
Pero, creo que son cosas distintas. Si tú quieres montar tu sitio web usando tu propia base de datos... "atacándola" usando PHP, etc., etc., entonces ni Joomla ni ningún otro sistema "ya hecho" sirve a tus propósitos. ¿Y entonces qué serviría a tus propósitos, en este caso? Pues... el manual de PHP, de MySQL, documentación sobre CSS, JS, etc., y este foro, desde luego.
