Desconozco si hay algún libro que toque el tema.
En lo particular, considero esa tarea mas un arte que una ciencia...
Como idea, yo diseñaría consultas (preferentemente vistas) que me resuman los datos de la misma manera en ambas bases de datos, de manera que al comparar estos resultados pueda determinar si una base se corresponde con la otra.
Así, una vista que te de el total de cargos y abonos por mes de las partidas contables, su cantidad, la sumatoria de cheques emitidos por mes, la sumatoria de cargos y abonos de las cuentas por cobrar, etc.
El comparativo es algo que luego de superada esta fase, podes realizar fácilmente.
Hasta luego.
