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InstallShield
Una alternativa que intente hace poco, pero que no creo que sea la mejor, nada mas te la pongo a tu consideración es hacerlo mediante el InstallShield, pero utilizando los binarios de mysql, que ya vienen con la base de datos y los usuarios dados de alta. Entonces solo requieres copiar los archivos a una ubicación determinada, dicha ubicación se encuentra en el archivo de configuración de mysql si la vas a cambiar al default que es c:MySql. Este archivo puede ser el my.ini o el .cnf. O si no deseas que venga con la base de datos cargada despues de copiarlo e iniciar la aplicacion (mysql-*.exe) puedes caragarla mediante un script. Supongo que este es el problema que tienes, y no generar el setup para la aplicacion, que con el Installshield es mas sencillo.
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