Hola,
Pues depende. Si la aplicación requiere de la intervención del usuario, probablemente te sea más sencilla no desarrollarla como un servicio de Windows, puesto que estos tienen ciertas características que tendrías que "controlar" (el propio servicio acaso necesite una aplicación que lo pueda "controlar"). Pero, ya digo, depende. Si tú lo has visto como un servicio de Windows... pues chico, prueba a ver.
