Hola,
Yo trataría de encontrar alguna solución por parte del propio
Inno Setup, puesto que no me extrañaría nada que existiera. Pero, en todo caso, existe una clave en el Registro de Windows como:
Código:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce
Donde pueden situarse programas que se ejecutarán en el siguiente inicio del sistema operativo una sola vez, es decir, una posible solución pasaría porque utilizaras dicha clave, puesto que con el mismo Inno Setup puedes hacerlo.