Hola,
La verdad es que no tengo ni la menor idea. Únicamente puedo decirte lo que ya sabrás, seguramente, y, es que "chkdsk" es un programa, que se encuentra en "Windows\System32", y que, acaso podrías utilizar, directamente. No es preciso que uses un archivo "bat", como dices, hay otras formas de hacerlo.
Hay un truco del maestro
Seoane que tal vez pudiera apañarte bien.
Como verás, si te estabas refiriendo a cómo hacer lo que hace "chkdsk", directamente, desde Delphi, no he sabido ni podría responderte. Lo lamento.