Estimado Bluesteel:
A partir de la versión 2000 SQL Server permite la instalación de Instancias, es decir, te deja instalar el motor varias veces en un equipo usando diferentes nombres, cada instancia corre independientemente.
Para conectar al sql 2005 Express que instalaste basta que le des el nombre de tu equipo o la dirección IP, en caso de que hayas instalado con la instancia por defecto deberias usar: NombredeTuEquipo\SQLEXpress.
Algo mas, el SQL Server 2005 express no viene con herramientas de administración, tambien esta disponible el SQL Server Management Express tambien gratuito, pero personalmente prefiero el SQL Server Manager de la empresa
EMS que tambien tiene una versión Lite, que es muy buena.
Espero que te sea util. Si necesitas algo mas no dudes en postear tus dudas. Saludos