Hola.
El MSDE no es exactamente gratuito. Aunque solo precisa de tener una herramienta de desarrollo de Microsoft : Visual Basic, Visual Studio, SQL Server, Office Profesional, ....
Aunque ciertamente, si tienes la licencia adecuada (algunos de los productos que la proporcionan són relativamente económicos), lo puedes distribuir con tu aplicación tantas veces como sea necesario.
NOTA : Si aún estás estudiando alternativas, piensa que existen más servidores SQL freeware además del MySQL. Algunas de las alternativas (mucho más completas en cuanto a funcionalidad), són Firebird y PostgreeSQL.
http://www.ibphoenix.com/
http://www.postgresql.org/
Saludos.