Pues yo también me voy a meter
Si lo que queremos es contar manchas, porque no difuminamos bien la imagen, y luego le aplicamos un "umbral". Seguramente las formas que queden sean lo bastante simples y definidas para que no tengamos problemas en encontrarlas.
De todas formas seria interesante un algoritmo que además de localizar la mancha nos dijera su tamaño, no es lo mismo una mancha de 1 pixels que de 100x100, podría interesarnos descartar las que fueran demasiado pequeñas