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Hola,
Como sabes, cuando recibes el archivo, cuentas con información sobre el mismo en el "Array" correspondiente. Este Array tiene varios elementos, y, uno de ellos es "type", que te informará sobre el "MIME type" del archivo en cuestión. Así puedes comprobar que el tipo de archivo está entre los que permites subir o no.
A bote pronto no se me ocurre cómo hacer lo propio usando la extensión de un archivo, porque, otro elemento del Array susodicho es "tmp_name", pero, este contiene (como por otro lado indica el nombre) la ruta temporal a la que subió el archivo, que ya no coincidirá con el nombre original del archivo. Así que, como no sea que puedas hacer algo con Javascript... antes de subir el archivo...
Pero, aún si pudieras hacer algo con Javascript, supongo que no deberías dejar de mirar el tipo del archivo, no te vayan a dar gato por liebre.
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