Pues solo les escribo para comentarles que por fin logre cambiar el pid de una aplicación, y por simple curiosidad lo implemente junto con mi aplicación, y si lo único que me gane fue un lindo BSOD tal y como dijo [cHackAll], pero bueno al menos aprendí algo muy útil (programación de módulos del kernel, algo medio complicado por eso no les dejo código).
Así que opte por esconder la barra, el menú inicio, y todo lo referente al Explorer dentro de un form invisible, el problema ahora es que cada vez que se presiona la tecla de inicio se mueve el foco de la aplicación activa hacia el menú inicio (aunque esta invisible).
Como podría evitar esto?, ya intente hookear el teclado, matar el proceso del menú inicio, volver a ocultar la ventana cuando se presione la tecla, regresar el foco con SetForegroundWindow y no queda (juro que esto me va a llevar a la tumba y todo por un systray).

