Hola,
Insisto en que acaso esté equivocado, pero, básicamente, se trata de que MySQL cobra por servicios y no por licencias. Esto se puede ver en la
página de descarga de MySQL. Parece que si "tú se lo guisas, tú te lo comes", independientemente de que tu aplicación sea GPL o no, puedes usar la versión "community", por la que no hay que pagar. Pero, si quieres soporte, entre otros muchos servicios, entonces te ofrecen la versión "enterprise".