Bueno, yo te diria que hicieras dos querys. Uno para cada tabla correspondiente a determinados registros acumulando los importes (para ello puedes usar SUM en el SQL). Luego restas ambos totales y calculas lo que queda por pagar.
link1,
link2
Dependiendo de cuando quieras que te avise deberás programar esta operación en un lugar o en otro. Depende si quieres que te avise al entrar en el sistema, o cada vez que introduces un abono/factura, cada x tiempo,...