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Con el solo hecho de desconectar todas las sesiones, se darán por finalizadas las transacciones y la "última activa" será una menos que la "siguiente". (creo que este contador se reestablece con la siguiente conexión)
Otra forma de hacerlo es con "gfix --sweep".
Una pregunta: ¿el gstat lo has hecho cuando todo estaba funcionando lento?
27 mil transacciones no debería ser muy grave (a menos que la 1 esté evitando que acaben(commit) otros 26.999 inserts/deletes/updates).
También puedes probar, sugiriéndole a tu cliente que al mediodía, cuando todos se van a a comer, que cierren la aplicación.
Un backup-restore, no solo pondría las transacciones a 0, sinó que además limpiaría los registros marcados como borrados, balancearía los índices y alguna otra cosita (eso es le "garbage collection").
Yo en algunos clientes, tengo una taréa nocturna que lo hace automáticamente.
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