[rgstuamigo]

Los estoy creando en tiempo de ejecucion...

Si lo lo estas creando en tiempo de ejecucion y has puesto en el On close este codigo:

Código Delphi [-]
procedure TFBase.FormClose(Sender: TObject; var Action: TCloseAction);
begin
  Action:=caFree;//aqui estas liberando memoria.
end;

Eso significa que ya no necesitas ir liberando todos los formularios cuando cierres el Principal.Me entiendes?.
Ademas cuando se cierra el principal este automaticamente cierra a todos los formularios de la aplicacion;por tanto tan solo en el evento OnCloseQuery yo pondria tan solo lo siguiente modificando un poco tu codigo:

Código Delphi [-]
if MessageDlg('Desea Salir del Sistema ...?',mtConfirmation,[mbYes,mbNo],0)=mrNo then
   CanClose:=False;//aqui la variable CanClose viene por defecto con True
                   //asi que si me no me preguntase atraves de este dialogo igual se cerraria el formulario.
                   //Este dialogo es tan solo para tener la posibilidad de cambiar dicha 
                   //variable a False para que no se cierre el formulario

Pruebalo..
Saludos..