[MAXIUM]

Con otro programa auxiliar, justo antes de que cierre la aplicación, arrancas con winexec por ejemplo, otra auxiliar. Esta se encarga de corroborar que este cerrada la aplicación principal y luego la vuelve a abrir.

Este es un ejemplo, estudialo

Código Delphi [-]
program Bypass;

{$APPTYPE CONSOLE}

uses Windows;

Var
   Ventana: HWND;
Begin
  // verifica que la aplicación principal este cerrada
     Repeat
           Ventana:= FindWindow(nil, PChar('Mi aplicación principal'));
     Until Ventana = 0;

  // La vuelve a abrir.
     WinExec(PChar('aplicación.exe'), SW_HIDE);
End.