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Tengo varias aplciaciones trabajando con sql2000 y como no todos los clientes pueden permitirse el coste de las licencias de sqlserver, me estoy planteando adaptar las aplicaciones a bbdd gratuitas como las comentadas.
Debes tener en cuenta las necesidades de tus aplicaciones.
Si con ambas Bases de Datos tienes suficiente, SQLServer Express te da la ventaja de que posíblemente lo único que debes cambiar es la conexión (la IP del servidor). Cambiar a MySQL/FB te supondrá cambiar los componentes de conexión, cambiar código, migrar datos,... con el correspondiente trabajo y errores añadidos.

Personalmente optaría por SQL Server Express, por lo comentado, aun así revisa las licencias de ambos y limitaciones de la versión Express para ver si no son un problema en tu caso particular.
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