Cita:
Empezado por Casimiro Notevi
Por suerte, no, no hay algo parecido al registro de windows 
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100% de acuerdo

.
Ahora, con respecto a las extensiones, en linux tienes dos formas de hacer lo que quieres (o al menos son las dos que yo conozco

), estas son:
- Llamada a la aplicación desde adentro del fichero
Seguramente en alguna ocasión has visto un fichero .sh o script bash con una línea como esta la inicio del archivo:
Esta línea le indica a la consola que el archivo debe pasarlo como parámetro a la aplicación "sh" que se encuentra en el directorio "/bin/", por lo tanto, lo que debes hacer es cambiar "/bin/sh" por la ruta de tu aplicación.
Esta es la forma mas "simple" de hacerlo, pero no por ello deja de ser funcional.
- Registrando un "Mime-Type"
Esta opción requieres que crees un archivo xml con la definición de tu "Mime-Type" y lo debes guardar en /usr/share/mime-info (si mal no recuerdo).
Más información de como realizarlo de esta manera lo encuentras en este link:
http://standards.freedesktop.org/sha...ec-latest.html
No está de mas agregar también que de manera similar a la segunda opción puedes crear un xml para definir los íconos para las extensiones de tus archivos.
Saludos.