Yo seguiría el camino que te ha indicado firestone2.
Alguna vez he configurado escaneres de codigo de barras USB como SERIAL y he recogido la entrada vía COMx, sin presentar nada en pantalla.
Incluso, en una ocasión, leia (sin mostrar nada al usuario) el código de barras y lo pasaba a un servidor UDP a la escucha en un Terminal Server. El usuario no se enteraba de nada, salvo que el producto aparecía en su pantalla de la aplicación corriendo en Terminal Server.
Para eso:
1.- Configuraba el puerto USB como COMx.
2.- Utilizaba el componente de PSoft.
www.psoft.sk (que incluye un lector de codigo de barras bastante bueno).
Aunque quizá puedes utilizar otro lector de COMx. Si alguien conoce alguno, agradeceré comentarios al respecto.
Saludos.