Existen varias maneras de hacerlo. La mas comun es usar DTS (
http://msdn.microsoft.com/en-us/libr...4(SQL.80).aspx). En el administrador corporativo hay una opcion que dice "importar" y desde alli puedes conectarte por ODBC y/o OLEDB a cualquier otra base de datos. Los DTS se encargan de recrear las tablas y de cargar los datos.
La forma manual es usando "Servidores vinculados /Linked Servers"
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188279.aspx, lo que significa que puedes consultar a MySql desde Sql Server *directamente* e incluso crear vistas basadas en MySql y cosas asi.
Pero con los DTS es lo mas facil. Te aseguro que lo sacas en cuestion de minutos.