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Respecto a los comandos que ejecutaste, falta la restauración de la base de datos.
Siempre que pasas una base de datos de una versión de Firebird a otra superior, es conveniente hacer un Backup (preferiblemente desde la versión antigua, aunque no es imprescindible) y Restaurarla desde la nueva versión (durante la restauración se reconstruye la base de datos).
En concreto los pasos son ejecutar primero los gfix (aunque solo son necesarios si tu base de datos se ha corrompido, cosa que no parece el caso).
Después ejecutas el Backup, tal como lo tienes definido.
Y finalmente hay que restaurar la copia de seguridad. Es decir :
/opt/firebird/bin/gbak -rep -v -user sysdba -password zitiz jerarquias.gbk jerarquia.fdb
NOTA: No te olvides de hacer una copia física del archivo jerarquias.fdb antes de restaurar la base de datos, por si algo va mal durante la reconstrucción de la base de datos.
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