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Si esta situación se va a dar más veces, yo te recomiendo que guardes en la Base de Datos (en alguna tabla tuya de configuración) la versión de la Base de Datos (campo tuyo).
De forma que puedes automatizar eso para diferentes versiones.
A medida que vas ańadiendo campos a las tablas y creas una nueva versión de tu programa, también modificas la versión de la Base de Datos. Cuando mandas un ejecutable nuevo al cliente, compruebas la versión que tiene él, la que vas a instalar tú y lanzas los cambios correspondientes.
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