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La diferencia es que con los programas tipo vnc te haces cargo del ordenador, es decir, el ordenador remoto lo controlas tú. Con términal server el acceso es transparente sin que afecte al ordenador al que accedes con lo cual en ese pc puedes hacer otras cosas o acceder de forma remota simultaneamente varias personas cosa que con el vnc no podrías. Por eso es muy importante saber para qué se va a utilizar a la hora de elegir una u otra opción.
Saludos
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