Pues, qué quieren que les diga... Para mí no es aconsejable.
Me parece que lo mejor que se puede hacer es crear un acceso directo al programa en el Menú Inicio > Inicio.
Por dos motivos:
[1] El usuario sabe qué es lo que se carga al inicio y sabe cómo borrarlo.
[2] Uno no anda toqueteando el registry, que siempre siempre siempre se termina llenando de basura de todos los programas que intalamos (y en algunos casos de los que desinstalamos también).
Qué sé yo, no es por criticar, lo digo como recomendación. Nada más.
Saludongos.