El sistema de control remoto que mejor resultados ha dado ha sido UltraVNC. Es muy configurable, tiene un sistema de transferencia de archivos muy desarrollado (utiliza compresión zip para las transferencias, permite copiar/crear/borrar/renombrar archivos o directorios, etc.), y además tiene la posibilidad de abrir una ventana de chat con la persona que se encuentra "del otro lado".
Muy práctico, muy configurable, consume muy pocos recursos y es software libre.
Recomendado.
La web del producto:
http://www.uvnc.com/