Yo uso el
tsclient que trae ubuntu, tiene opción para que tus discos duros se vean en el equipo al que te conectas, así que puedes transferir ficheros entre uno y otro muy cómodamente.
En windows como servidor está el FreeNX (creo que ese es su nombre) y como cliente, está el
NoMachine.
Esta empresa también usa una versión de FreeNX.