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Puedes conectar a 2 Bases de Datos desde tu aplicación simplemente colocando 2 conexiones una hacia cada Base de Datos.
Puedes "traer datos a local" utilizando el componente TClientDataset, aunque no veo porqué no hacer directamente las consultas contra el servidor.
Lo de lanzar una JOIN contra 2 Base de Datos distintas es difícil. Hay algunas Bases de Datos que permiten "LINKAR" hacia otros servidores "iguales" o en algun caso me suena que también a distintos vía ODBC, pero deberías ver si alguno con los que estás trabajando permiten algo así y la eficiencia que puedes obtener de ese invento.
Tal vez lo más sencillo sea importar todo a 1; Por ejemplo importar hacia Oracla a una tabla temporal y allí hacer las consultas que necesires; Todo esto es muy general, porque habría que saber de qué volumen de datos estamos hablando....
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