La manera estandar de hacerlo es convirtiendo el servidor en un servicio de windows:
http://delphi.about.com/od/windowssh...plications.htm
De esa manera, el servidor no depende del usuario (e incluso funcionaria si ningun usuario se logea).
Lo mas importante es asegurarse que nunca se solicite input del usuario, nada de messagebox o showmessages o ventanas modales o no modales de ningun tipo (todo lo que necesites saber a un archivo de log)