Eso no es por los índices, sino por las transacciones que se van almacenando.
Firebird no necesita reindexar, eso es algo de la época de dBase.
De todas formas, si quieres, puedes rehacer los índices de varias formas:
- Hacer un backup/restore, como has indicado
- Desactivando los índices y volviendo a activarlos
- Recalculando sus estadísticas (lo usa para elegir el plan más adecuado)